Onnettomuudet ovat ikäviä, mutta suhteutettuna kuljetettavien vaunujen määrään ne ovat erittäin harvinaisia.
Monet junarahtina, tankeissa kuljetettavissa aineista ovat hyvin vaarallisia ja vahingon sattuessa tuhot voivat olla suuria.
Tuorein onnettomuus sattui Mäntyharjulla, jossa polttoaineen valmistuksessa käytettävää kemikaalia valui säiliövaunusta maastoon aiheuttaen ympäristökatastrofin. Lähialueiden veden käyttö kiellettiin ja vesistössä eläviä eläimiä löytyi kuolleena.
Kanadan Hintonissa rahtijuna törmäsi matkustajajunaan. Rahtijunan kuormana oli mm. rikkiä, viljaa ja putkia. Rahtijunassa oli kaikkiaan 115 vaunua ja se oli 1866 metriä pitkä. Matkustaja junaan puolestaan oli yhdistetty kaksi erillistä junaa Jesperin asemalla. Kyydissä oli 115 matkustajaa.
Rahtijunan saapuessa rataosuudelle, jossa kaksirataisuus loppuu, olisi tavarajunan kuulut hidastaa vauhtiaan valmistautuen pysähtymään ja päästämään matkustajajunan menemään ohitse. Rahtijuna ei noudattanut pysähtymisohjeita ja sen seurauksena junat törmäsivät. Junien polttoainesäilöt repesivät ja junat syttyivät palamaan.
Onni onnettomuudessa oli, että rahtina ollut rikki oli sijoitettuna junan loppuosaan ja rahtina ollut vilja tukahdutti osan liekeistä, muutoin kuolonuhrien määrä olisi ollut suurempi. Menehtyneitä oli 36 henkilöä. Koska junan kuljettaja menehtyi myös, jää mysteeriksi miksi kuljettaja ei noudattanut pysähtymismerkkejä.
Vaarallisten aineiden reitit ja aikataulut on määritelty salaisiksi. Tämä pohjaa uuteen lakiin, joka pohjaa varkauksien, väärin käytön estämiseen ja terrorismilta suojautumiseen.
Vaarallisia aineita VR kuljettaa vuosittain viisi miljoonaa tonnia. Suurin osa niistä on polttoaineita.
Rautatie kuljetuksia voikin pitää tieliikennettä turvallisempana vaihtoehtona, tilastojen valossa.